En una sartén caliente con aceite, saltea la cebolla. Cuando comience a verse transparente, añade el jitomate y el cilantro. Sazona al gusto. Agrega el atún en agua escurrido y el puré de tomate. Mezcla y tapa. Cocina por 5 minutos o hasta que se seque un poco el relleno. Deja enfriar.
Forma las quesadillas con el relleno y dóralas por ambos lados en una sartén con aceite caliente. Escurre el exceso de grasa.